公交公司以司机不是他们员工拒绝赔偿

根据法律的规定，机动车承包经营情形下发生交通事故的，发包人应与承包人共同承担连带赔偿责任。所以，公交公司的说法显然不合理。
公交公司是你要起诉的主体，而且一般作为发包方的资金实力比承包方强，为便于日后执行，以发包方，即公交公司作为主要目标进行诉讼比较有利。至于承包方，如果你不知道的话没关系，在诉讼过程中法院会追加为被告的。关键是一定要把公交公司作为被告起诉，因为公交公司可供执行的财产一般会比承包方多（如果承包方是自然人）。

公交公司的说法属于逃避责任，这种托词只会给法官留下不好的印象，从法官心证的角度来说，这种托词只会使法官在自由裁量上更偏向于你方。
另外，公交公司须承担责任，你可以委托律师对公交公司进行财产保全，保全数额可以按以下方式计算：
《侵权责任法》第十六条：“侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿残疾生活辅助具费和残疾赔偿金。造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。”

有。
不知道你是哪里的，每个地方都有各自的规定，但原则是发包方同样须承担赔偿责任。
以武汉市举例来说，《武汉市中级人民法院关于审理交通事故损害赔偿案件的若干指导意见》十三：“车辆承包、租赁经营的，发包人、出租人承担连带赔偿责任。”

个人建议，首先找到公交司机协商，不为讹人，咱花多少，要多少呗，这是个底线。要是协商未果，可以起诉，以交通造事为因。另外，公交司机也有责任，至于主次，就看是从什么层面了，建议你去咨询专业的律师，尤其是在这块的律师。祝，你父亲早日苏醒。

协商不成 立即将公交公司和肇事司机一起起诉。同时申请财产保全，查封肇事的车辆 主张侵权赔偿即可
中华人民共和国民事诉讼法
第一节　起诉和受理
　　第一百零八条　起诉必须符合下列条件：
　　（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
　　（二）有明确的被告；
　　（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
　　（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

已起诉公交公司为主 ！ 不管公交司机是谁 都是以公交公司为中心 公交司机是连带责任 ！